內容:
上尉巴格絲去電給希德告知已經進入，他是對的，天窗就是一個入口，希德訊號受到嚴重干擾，像是舊代碼，要她放一個針，他去尋求後援，擔心將軍發現他們在釣魚，巴格絲說偷看一下沒關係，希德發覺訊號被追蹤，根本是一個陷阱，一群特警持槍進入房間對著崔妮迪要她投降，中尉警官在外面等，幾個特工下車要進入，中尉要他們省心，特工告知他的手下已經死了，巴格絲看到特警持槍指著崔妮迪。希德的投影訊號模糊，巴格絲要他換音頻，希德告知她嚴重違反將軍的規定，巴格絲說崔妮迪馬上就會撂倒他們，特警靠近崔妮迪動手，之後打了電話離開這裡，巴格絲驚訝說尼歐就是從這裡開始，希德質疑是一個循環或是行進，某種排序器演化出一個程序，巴格絲要查清楚，崔妮迪跑向屋頂，特工追逐她，他們卻在屋頂上搏鬥，希德不明白為何用舊碼來鏡像新的東西，崔妮迪被打敗，希德認為事情不是這樣發展，肯定是一個陷阱，要她馬上離開，直升機發現巴格絲，特工過來跟她肉搏，崔妮迪看到她，特工要殺死巴格絲，巴格絲從屋頂往下跳，警察圍過來，上尉警官與警察又變成特工，巴格絲逃入鎖店，特工進入搜索，一個特工把她抓到小房間，巴格絲不懂為何要救她，特工要她說來歷，告知這是一個演化的程式，他只是一個代碼，特工不需要她告知，自己的職責就是抓與殺死入侵的人，但是⋯我們見面了，巴格絲對這個房間熟悉，看到桌上尼歐的工作名牌非常興奮，大家都以為他死了，貝格絲在擦窗戶時見過他，當他看著自己，感覺打開了心靈，特工也看到異象，浴室的鏡子起霧水滴像是矩陣排列，咖啡店的落地窗也是，觸摸玻璃像是水面可以進入把他嚇一跳，兩個人都認為這不是真實世界，特工第一次感到有了目標，知道自己是誰與責任，貝格絲追問，特工說他就是墨菲，要找到尼歐，巴格絲高興擁抱他，給他兩顆藥丸選擇，其實選擇只是錯覺，他早就知道該怎麼做，墨菲選擇紅色藥丸吞下，貝格絲要他到老建築物拉斐特酒店，墨菲說有一扇門可以直接進入，藥效發作突然暈眩，巴格絲給他一副眼鏡戴上，墨菲走錯門遇見懷特特工等人，巴格絲抓著他離開，特工追殺他們，兩人逃往酒店，希德指示他們哪個窗戶，兩人撞破玻璃躍下。
尼歐無聊的敲著鍵盤，桌上擺了許多遊戲設計卓越獎盃，一旁的螢幕出現警示，尼歐移到中間螢幕看，巴比進來問怎麼了，裘迪也跟著進來，看到螢幕上舊的二進制矩陣代碼，尼歐關掉螢幕手機響起，說想要喝咖啡，男子要請客，在咖啡館聊著新的三進制，自由意志與命運的悖論，我們能否逃出演算法做自己想做的事情，尼歐的遊戲差點毀了癡迷的他，到底是自由意志贏了還是命運，尼歐回頭看著進店門的蒂芬妮帶了兩個孩子到櫃台買早餐，裘迪問尼歐是否跟她說過話，尼歐沈默，裘迪要幫他牽線上前自介，尼歐過去拉回他，蒂芬妮看到尼歐自介並跟他握手，感覺似曾相識，布蘭登問他是否想跟媽媽上床，查德走進來催他們，蒂芬妮介紹查德是她丈夫，要馬上送卡立去學校，離開時蒂芬妮疑惑的看著尼歐，尼歐回到辦公室，螢幕顯示模式沒偵測到，之後資料被清除，巴比敲門說老闆找他，尼歐見老闆，老闆說著他遊戲中的經典台詞，每天早上看著窗外的風景太完美，一定是假的，尼歐笑一笑，老闆請他坐下，尼歐以為他要說預算問題，老闆問他心理治療的狀況，尼歐說正常，老闆笑著說這裡是跟尼歐一起起家建立這個公司，現在情況改變了，母公司華納要開拍續集，不管我們是否願意，如果不合作就要毀約，要他想想矩陣的劇情，尼歐看著他彷彿看到特工似的緊張，老闆問他怎麼了，尼歐又說沒事；心理醫生問他，尼歐覺得自己又要崩潰了，或是又回到電腦世界被囚禁，醫生紀錄下，說有時候並非只有二選一，或者有其它方式知道原因，認為他有強大想像力結合現實，讓自己成為自殺下的倖存者，昨天因為老闆強迫他再做一個遊戲的續曲，造成思想上的憤怒反撲與恐懼，而不是精神崩潰，相信接下來會展現健康的自我保護意識，最重要的是尼歐怎麼跟別人分享感覺，為了如此已經治療討論多時，問他是否需要重新配方，尼歐說要，回到家裡吃了藍色藥丸；女子在會議中給大家一本研究資料，要大家知道關鍵詞與品牌的關聯，最重要的是原創性與新鮮，才是矩陣第四集的基礎，尼歐努力讓自己進入軌道，健身讓頭腦不多想，按時吃藥，大家努力集思如何讓第四集有所不同，有人認為應該要更多的槍戰，有人認為要多一點色情加哲學，有人表示得參雜政治，法西斯與資本主義對抗，裘迪想要完全革新遊戲，尼歐吃藥時摸摸鏡子看能否穿透，在餐館吃麵多次蒂芬妮經過沒有察覺，集思廣益仍沒有結果，尼歐厭倦了吃藥。
蒂芬妮到咖啡館決定要改喝雞尾酒，尼歐上前打招呼，兩人喝咖啡，蒂芬妮過去想有一個家庭，質疑是所有女人都想要的，一個人要什麼也許是成長教育指導的，尼歐笑著說給心理諮商師很多錢問這個問題，蒂芬妮也覺得應該找，但是自己帶小孩太累了，他應該明白，尼歐抱歉說自己單身，蒂芬妮道歉，網路搜尋了有關他的資訊，當一個知名的遊戲設計師是什麼感覺，尼歐表示花很多時間在上面，很多時候是渾渾噩噩的，蒂芬妮為他的矩陣電影覺得了不起，尼歐表示逗小孩高興而已，蒂芬妮問他是否拿自己性格當主角，尼歐坦承是，蒂芬妮再問矩陣中的崔妮迪，非常喜歡她，也很喜歡機車，和朋友庫許弄了很多重機車，曾經跟查德說自己很像崔妮迪，查德只是傻笑，自己很生氣想揍他，打掉下巴就好，大概尼歐後悔跟她坐在一起，尼歐卻說是長久以來做過的最好選擇，蒂芬妮手機響起接電話，尼歐看到她的玻璃倒影很蒼老，蒂芬妮要趕回家，卡立把積木塞到鼻子拿不出來，希望跟他後會有期，在大門時回眸，尼歐彷彿又看到崔妮迪；大樓警報響起，調查局警員要他們離開大樓，尼歐接到一個陌生訊息，如果要找答案請到長廊後面的廁所，要他馬上去，尼歐問他是誰，對方說他知道的，尼歐進了廁所以為是裘迪，卻是墨菲走出來，很像矩陣中的墨菲，墨菲說就是他，拿出紅色藥丸，尼歐搖頭說不可能，那只是一個模型的測試，墨菲生氣為了找他差點喪命，希德與巴格絲影像出現催促墨菲，墨菲等尼歐吞下藥丸，用手插入鏡子中，尼歐訝異不可能要奪門逃去，特警衝進來開槍，墨菲跟他們開火，尼歐走出去仍以爲是幻覺，特警要他止步，一個爆炸炸死特警炸飛尼歐，消防水栓灑水滅火，尼歐仍覺得不可能，更多特警持槍進來，墨菲一人持槍與他們奮戰，尼歐躲到桌子下面，老闆走進來非常驚訝，慢慢撿起地上的手槍，朝著尼歐說安德森先生，開始追殺他，尼歐看到一隻黑貓，驚覺主角就在他身體內，老闆朝他的腦袋開槍，尼歐回到諮詢師的房間，看到他的黑貓，諮詢師問他怎麼來的，看到門開著以爲黑貓在外面進屋看到他，問他要不要聊一聊，好像失去如何分辨真實與幻覺，以前說想要從屋頂跳下來找他，可以自由飛翔，以爲從那次後尼歐進步不少，現在情緒不太穩定，尼歐說墨菲簡訊給他，諮詢師說他又回來幫你逃出矩陣的虛擬現實，尼歐問自己是否瘋了，諮詢師表示這裡不用瘋子一詞，要求看簡訊，尼歐表示簡訊被刪除了，諮詢師說一起回他的辦公室看看有什麼，尼歐以為他應該說沒有什麼，沒有人被殺，沒有人發短訊，都是他的幻想，諮詢師強調他為了做遊戲把現實與虛擬搞混了，對老闆的不高興昇華，把蒂芬妮當成崔妮迪，甚至把他的貓也編入矩陣，其實藝術家都是如此，但如果幻想危及生活與他人就不太對。
尼歐站在高樓屋頂喝酒思考，想著矩陣的情節，裘迪來電沒有接，看到一隻鴿子飛出去，喝了一口酒記得墨菲曾告訴他，解放思想就能跨越飛翔，爬上女兒牆要往飛翔，巴格絲把他拉下來，告知他改變了自己，原來是擦窗工人，有一天看到尼歐用另一個人的外形飛越屋頂，尼歐問她是否是入侵他電腦的駭客，巴格絲點頭，尼歐手機響起，巴格絲說一定是裘德，他不是朋友是一個來控制尼歐的程式，帶著特工要過來，透過視訊看到裘德與特工，巴格絲再說現在他們使用機器人當特工，如果他們打開那一扇門，我們就進不去了，自己會被殺，尼歐會被送到原來的位置日以繼夜的過日子，知道尼歐為何仍開著系統，需要有人來救墨菲，因為他才能找到尼歐，知道自己總有一天會找到尼歐，而且在手上刺了兔子刺青，如果尼歐要真相就跟她走，尼歐點頭跟著她，進入一扇大門到了東京電車上，現在不需要電話亭，希德透過影像告訴他們方向，又打開一道門到戲院，影棚播放當初見到墨菲的片段，讓尼歐減少焦慮，墨菲拿出藥丸給他，尼歐質疑若一切都是真的，最後大家都會死，巴格絲說不見得，機器仍讓他活著蓄意藏起來，尼歐說在遊戲公司做事並沒有藏起來，巴格絲查了公司找不到尼歐的資訊，改變了尼歐的外貌，透過鏡子裡面的尼歐是一個禿頭的老人，巴格絲說崔妮迪已經死了超過六十多年，為何尼歐幾乎很少變老，也不明白，墨菲說沒人找到尼歐是因為他不想被找到，尼歐不認為是，墨菲又說可能他一直跟機器工作，失蹤的消息被隱瞞，巴格絲要他別再說，墨菲繼續說要他來告訴大家到底什麼才是真的，如果要出去吃下紅色藥丸，否則吃藍色回到原來日以繼夜的工作，尼歐吃下紅色藥丸，現場開始作業，希德追蹤到一些奇怪東西，尼歐看著鏡子，伸手穿越鏡子，諮詢師看到他的手，對著鏡子告訴尼歐說這不是真的，尼歐瀕臨精神崩潰中，要把尼歐拉過去，巴格絲跑過來拉住尼歐，成群特工進入開槍，眾人反擊，墨菲射破鏡子，他們退回一扇門到電車，還來不及關門，特工的榴彈砲飛過去炸毀車廂，特工又進入搭車民眾的身體跟他們搏鬥，尼歐覺得頭昏，他們退入廁所希德已經駭入廁所小鏡子，巴格絲讓尼歐先走，穿越後在機器的維生池醒來，對面是還未醒的崔妮迪，一隻機器大蟲飛過來鉗住尼歐，鬆開維生設備，另一隻大蟲從後面抱住他，慢慢飛越崔妮迪，離開巨大的維生池，進入艦艇把他放在床上，巴格絲等人朝尼歐說，歡迎回到真實世界。
醫生檢查心跳脈搏逐漸下降，使用冷加速治療，尖峭插入尼歐後腦，尼歐回到當初跟墨菲的學習空間，墨菲遙控電視播放過去的片段，很高興他回來了，但是因為尼歐長期靠著維生池導致身體虛弱，場景一轉到了大湖中的練功房，墨菲告知想活著試著打贏他，尼歐拒絕出手，墨菲兩次撂倒他，第三次尼歐終於出手打飛他，墨菲繼續搏鬥，說如果他想見崔妮迪就得搏命，不斷的刺激他，尼歐開始醞釀發出內功，炸飛墨菲炸飛練功房，也讓機艙的醫療機器爆炸；尼歐醒來拔掉手上的連接線，巴格絲進來幫他鎖住接頭，問他感覺如何，尼歐看著接頭說如果是真的，那麼他的生命被剝奪變成遊戲的一部分，不知道該怎麼想，巴格絲無法了解到底什麼是真的，又不能抗拒，只能期望找到尼歐，提到先知，巴格絲說在這一版的矩陣上傳後有一次大淨化除掉了先知，尼歐嘆氣說它們承諾和平卻搞淨化，巴格絲告知真是有一段和平時期，尼歐覺得回到起點沒有什麼改變，過去自己與崔妮迪的努力變得不重要，巴格絲帶他去看船員，一一介紹，艾絲特的祖父就是羅蘭艦長，祖父經常告訴她，尼歐讓他的思想獲得第二次解放，伯格也是尼歐的粉絲，還有送尼歐來的大蟲西貝貝，與八角，小蟲魯明八，它們是合成物不喜歡被稱為機器，尼歐也改變了部分機器的立場，西貝貝與八角冒死救出他，法典粒子組成一個人形說不是所有人都想控制，也不是所有人都想得到自由，希德介紹它讓程式連結進入這個世界，尼歐看到崔妮迪還在維生池，巴格絲表示目前還不知道如何救出她，也不知道她是否想得到自由，船艦獲得許可，漢諾穿越假的影像牆壁進入，貝格絲告知這裡是艾歐，將軍接見他們，尼歐認出她就是柰爾碧，奈爾碧很高興再見到尼歐，先斥責巴格絲違反規定禁飛，巴格絲道歉不想失去尼歐，大家等尼歐太久了，他是唯一，奈爾碧不相信什麼是唯一，尼歐提起當時她也是違反議會命令把艦艇給他，奈爾碧告知此時非彼時，要巴格絲等人到碼頭報到，去除記憶符號，改變進入的密碼，留下尼歐長談，告訴他很多事情改變了，人們已經忘記當母體尖峭插入大腦會發出惱人的吵鬧聲，當時她在錫安與大量烏賊戰鬥，突然烏賊全部離開，他們都說尼歐解救大家，她仍活在恐懼中，花了很長時間才說服自己活在和平，相信尼歐給他們帶來奇蹟，和平的果實正努力成長，帶他參觀植物培養室，介紹負責人弗雷婭，還有粒子人奎林，弗雷婭請尼歐吃草莓，奈爾碧說錫安不可能造出來，錫安陷入戰爭陷入矩陣中，尼歐問起錫安，奈爾碧說機器城市出現電量不足，無法控制機器，機器開始互相爭權，先知臨死告訴他們新的力量正在崛起，尼歐看到墨菲的雕像，戰爭後大家推舉墨菲為最高主席，但是不把先知的警告放心上，繼續相信尼歐創造的世界不會改變，尼歐覺得抱歉，但是需要她幫忙救出崔妮迪，奈爾碧不明白為何母體還讓她活著，尼歐也不知道，奈爾碧不想因為她危及艾歐的居民，要暫時讓薛普德拘禁他，尼歐不懂她的苦衷。
薛普德第一次看到名人，尼歐跟他握手，薛普德送他到房間，之間的傳說每人想得到自由，但是時間久了感覺大家放棄了，似乎矩陣贏得勝利，問他是否真的會飛，尼歐點頭，薛普德說好酷鎖住大門，尼歐到陽台，墨菲使用粒子現身，說大家在等著尼歐的命令出發救崔妮迪，否則會被抹去記憶，巴格絲等人的艦艇出現，弗雷婭安撫奈爾碧，奈爾碧認為是叛變，弗雷婭知道她也不願意把尼歐關起來，奈爾碧擔心艾歐眾人安危；搜索到蒂芬妮，大家擔心她安於現狀，尼歐問他的讀數與蒂芬妮的讀數，希德表示兩人一樣，巴格絲讓漢諾掩蔽艦艇，帶著人馬陪著尼歐穿越去找蒂芬妮，艾絲特與伯格擔心跟傳說一樣陪葬，從旅館又穿越到倉庫，史密斯出現，對新的代碼非常驚艷，尼歐逐漸老去，而他更完美了，尼歐問他到底要什麼，史密斯警告他的夢想與尼歐有衝突，認為尼歐還沒準備好，希德發現一些訊號，尼歐要走人，史密斯拉他，尼歐推了他一把，出現幾個流亡者包圍他們，包括梅諾，責罵尼歐讓他失去原本的生活，史密斯開槍，尼歐閃過，雙方開始鬥毆，梅諾在一旁嘶吼著，史密斯打倒墨菲，抱著尼歐墜落地下室廁所撂倒他，尼歐站起來再打，仍被打倒，史密斯嘲諷他老了，尼歐迴轉踹倒他，史密斯又一次撂倒他，巴格絲等人解決了流亡者，找不到尼歐，史密斯舉起洗手台要砸死尼歐，尼歐發出內功形成保護罩，再震飛史密斯，走到樓上與他們會合，梅諾在高架台上臭罵忿恨離開，尼歐到倉庫找蒂芬妮，蒂芬妮看到他受傷要庫許找醫生，尼歐婉拒，說上次見面後才發現自己過的不是生活，渾渾噩噩如失魂者，蒂芬妮也回到咖啡店找過他，昨晚做夢夢到尼歐被警察包圍，追逐在機車上的他們，結果不是很好，尼歐表示曾經夢想成真，黑貓出現，蒂芬妮消失諮詢師出現，說尼歐本來可以坦誠相見，卻要繞彎害他費勁，史密斯又進來，這一次他用超級速度輕鬆的閃過尼歐攻擊，親眼看到尼歐與母體見面死亡，真是超異常現象，因此想辦法重塑尼歐與崔妮迪，以為他會高興卻不然，其實希望與失望的代碼幾乎是一樣的，努力多年激活尼歐的源代碼不成，本來要放棄，突然發現崔妮迪與他會產成驚人作用，只要把尼歐放在身旁不要太近，會出現一些不可思議的事情，前任的史密斯只注重事實與程式，痛恨人類的思想，不知道尼歐根本不在乎事實，只有大腦的心想事成，庫許是他安排在蒂芬妮旁邊的特工，讓他拿出手槍朝蒂芬妮開槍，尼歐努力要衝過去，史密斯說他只想著能超越時間擋住子彈，其實比事實更容易控制，在他過去的矩陣，以為越糟塌他就能控制，相反的尼歐會產生更大的能量，其實是胡說八道，關鍵在尼歐與蒂芬妮的渴望，才是現實的定義，慾望與恐懼，在軌道上讓子彈射穿蘋果，要尼歐在可怕的事情發生前趕快回家，子彈逐漸接近蒂芬妮腦門，尼歐已經來不及，史密斯在分毫前拿走子彈消失，警車包圍倉庫，巴格絲去叫尼歐，尼歐告訴蒂芬妮會再回來。
巴格絲回到艦艇，受到奈歐碧薛指示普德開著艦艇出現，警告烏賊正在搜索此地，最後跟他回去面對軍事法庭，巴格絲只好跟他回去，奈歐碧痛斥巴格絲禁止尼歐插嘴，巴格絲責罵她只在乎作物不在乎思想解放，不在乎人，奈歐碧要薛普德囚禁她，庫加庫飛到奈歐碧旁邊低語，沙蒂要見她與尼歐，奈歐碧帶著尼歐前往，沙蒂說爸爸早知道他們會再見面，發生在尼歐的事情是他一生的最大遺憾，爸爸創造復活的維生池，奈歐碧不高興沙蒂知道他們兩人復活沒告訴她，沙蒂說艾歐建造需要她，如果告訴她每件事情，奈歐碧會不知道如何抉擇，奈歐碧要求自己做決定，沙蒂先道歉，尼歐離開維生池使得矩陣不穩定，防止故障裝置被重啟，矩陣回到過去的版本，諮詢師說服當局說尼歐會回來，奈歐碧不懂，尼歐說不回去他會殺死崔妮迪，沙蒂問他如何選擇，尼歐答應回去，沙蒂反而說諮詢師太自信反而出現錯誤，他本該接受損失殺死崔妮迪，這樣就可以阻止這一個異常的機會；奈歐碧回去找艦長出任務，巴格絲自動站出來，還需要兩個艦長，所有艦長都站出來，薛普德表示只要將軍有需要，沒有人會選擇留守，奈歐碧感謝他們；沙蒂說明狀況如何救出崔妮迪，穿越培育池越過電廠爬上兩公里有上萬哨兵的高塔，讓庫加庫幫忙打開開關，墨菲用粒子人形式進入機體內部，打開通道閘門，西貝貝與八角送巴格絲與墨菲到崔妮迪的維生池，沙蒂與庫加庫要把她的意識轉到飛船上，所以她不需要吃藥丸，比較重要的是崔妮迪的選擇，爸爸把復活艙的設計偷偷給沙蒂，諮詢師因此殺死她的父母，幸好庫加庫救了她，期待這一天好久了；拉希通知尼歐快到了，自己曾經想跟崔妮迪一樣勇敢，但是在倉庫看到她的表現有點失望，萬一她不再是以前的崔妮迪怎麼辦，尼歐嘆了一口氣，說從未想過自己是唯一，崔妮迪讓他相信自己做得到，現在輪到自己相信她；庫加庫劃破薄膜帶出崔妮迪，沙蒂透過遙控拆除連結母體與崔妮迪的管線，尼歐越過層層軍警去見諮詢師，要求讓崔妮迪做選擇，如果崔妮迪選擇他，請諮詢師放了他們，否則很多人會拔掉尖峭不讓諮詢師帶走他，這是他唯一機會能拿到矩陣，更多的人走進來幫尼歐助陣，諮詢師同意詢問崔妮迪；沙蒂切斷了崔妮迪與母體的連結，現在等她自己的決定，不是尼歐可以支配的。
蒂芬妮走到尼歐旁邊，說在夢裡看到這個場景，尼歐表示自己不是祭師無法解釋，這不是一場遊戲，兩人坐下，蒂芬妮回家想著跟尼歐在一起感覺是一場回憶，好像一輩子就在等他一人，最後尼歐終於才出現，尼歐不知道如何解釋，最怕傷害到唯一所愛的人，蒂芬妮遺憾自己不是崔妮迪，布蘭登與卡立進來叫媽媽快點走，查德也進來催，蒂芬妮道歉，尼歐表示理解；沙蒂覺得情況不對，說尼歐錯了；尼歐束手就擒，希德準備要拔出尖峭，查德不斷催促蒂芬妮，蒂芬妮突然說她的名字叫做崔妮迪，查德變成特工，崔妮迪撂倒他呼喚尼歐，尼歐發出內功震飛一旁的警察，諮詢師讓時間停止，不可能讓兩人離開，取了手槍要朝崔妮迪開槍，史密斯出現打飛他的手槍，責罵他連程式都不相信，一拳也打飛諮詢師，時間恢復正常大戰開始，沙蒂忙著讓崔妮迪鬆脫管線，尖峭插入巴格絲後腦去幫助崔妮迪脫離母體管線，並馬上逃脫維生池，諮詢師要特警阻止兩人接觸，尼歐與崔妮迪排除萬難碰在一起發出極大威力震飛特警，諮詢師抱著黑貓走出來說還沒結束，史密斯朝他開槍，諮詢師碎成代碼消失，回頭告訴尼歐兩人的區別，任何人都可能是尼歐，尼歐可能是任何一人，說完代碼變了成為另外一個人，希德收到許多訊號要他們馬上撤退，出門被數千人包圍，尼歐飛不起來，崔妮迪騎車載他，其他人想辦法撤退，巴格絲把崔妮迪帶回艦艇，生命跡象穩定，沙蒂讚許巴格絲，現在只等奇蹟出現，四周被封鎖找不到出口，尼歐努力發出內功震飛特工，震毀衝撞的汽車，更多特工入侵民眾身體跳樓飛撞他們，拉希的車輛被圍堵，薛普德的車子也被撞停，巴格絲叫希德讓她加入戰局，崔妮迪進入小道被直升機飛彈轟炸，巴格絲與墨菲等人救出拉希與伯格，尼歐二人上了大樓屋頂，兩架直升機追殺他們，尼歐把射來的飛彈引到另一架直升機爆炸，崔妮迪昏倒醒來看到黎明嘆氣太漂亮了，尼歐走過來，她說想起過去想起一切，我的夢在這裡結束，肯定回不去，尼歐握著她的手說一定可以，特警上樓圍捕，兩人縱身躍下，尼歐飛不起來往下墜，崔妮迪浮在天空拉住他。
眾人回到船艦，尼歐與崔妮迪兩人醒來惺惺相惜。崔妮迪飛去見諮詢師，尼歐跟在後面，諮詢師笑著說好戲劇化，娛樂效果十足，崔妮迪一腳打斷他的下巴，諮詢師打響指讓程式恢復正常，諷刺崔妮迪當個蒂芬妮賤人好久了，蒂芬妮一刀砍斷他的脖子，尼歐笑說他自找的，蒂芬妮打響指讓他恢復，繼續揍他，這是利用小孩的債款，尼歐放下貓，兩人問他曾經試圖激活自動防止故障系統，諮詢師說特工試過了，但是沒有他們的源代碼無法成功，崔妮迪問特工為何沒有除掉他，諮詢師表示只有他知道系統，了解人類，了解他們，坐下繼續喝茶，問他們是否來談判的，以為現在能為所欲為，請他們盡情發揮，但是多數似綿羊的人們哪裡也去不了，很多人希望被控制，從中帶來穩定性的安全感，兩人最好跟他們一樣，尼歐與崔妮迪對笑，說不是來談判的，而是要重組這個他們建造的世界，告訴人們一個自由的思想能做些什麼，只是過來感謝他，給他們一個新的機會，兩人飛離諮詢師的房子。
星標: 3.0 (最多5)
預告片:
小記:
看完覺得很失望，既然是續集就要延續三部曲，延續的理由卻很牽強，先把三部曲當成上市的游戰，尼歐變成游戰的發明人，為了第四部如何延續傷腦筋，變成戲中戲，讓觀眾看他們如何演續集，失去原先劇情的神秘感，原先三部曲已經是劇中劇，又加上戲中戲，劇情支離破碎，最後尼歐也打破定律不再是唯一，讓崔妮迪也變成“女超人”，好好的一部電影給搞砸了。
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